Construído em 1859 para abrigar um presídio, quando expandido, tornou-se Quartel Reina Mercedes. Durante a Guerra dos Dez Anos, na segunda metade do século XIX, abrigou as tropas espanholas e manteve presos muitos independentistas. Em 1909 passou a ser chamado Quartel Moncada, em referência a um antigo general.  Na década de 1930, o governo repressivo de Gerardo Machado cometia tortura e violência no Quartel. Em 1937, um incêndio destruiu a antiga construção, mas logo foi reconstruído. 

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Em 1953, Moncada era o segundo maior complexo militar de Cuba, com um contingente de quase mil soldados. Devido à distância de Havana, a qual teria dificuldades no envio de reforços, foi o alvo escolhido pelos revolucionários para iniciar a luta armada no combate à tirania de Fulgêncio Batista. Conduzidos pelos jovens Fidel Castro, Abel Santamaria e Raul Castro, 131 revolucionários atacaram o Quartel em três frentes, mas devido a fatores não previstos no plano inicial, um tiroteio prematuro alertou toda a tropa militar para reagir à invasão. Diante da desvantagem em termos de armamento e número de homens, Fidel Castro ordenou a retirada de seus companheiros. Parte da população de Santiago deu abrigo aos combatentes que foram perseguidos nas horas e dias que se seguiram ao assalto. Mesmo os que se renderam foram presos, torturados e mortos. Ao final, 90 dos assaltantes foram eliminados pela repressão do governo de Batista. Os "moncadistas" que sobreviveram foram condenados a até 15 anos de prisão, incluindo Fidel e Raul Castro, embora tenham sido anistiados em 1955 por clamor popular.

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Após a vitória da Revolução, assim como todos os quartéis que serviram à tirania de Batista foram convertidos em escolas, o Quartel Moncada tornou-se Cidade Escolar 26 de Julho, em janeiro de 1960. Posteriormente, passou a abrigar também o museu no qual se pode conhecer toda a história que ali se eternizou.